En brinnande båt i närheten av Blå Jungfrun bär på en oväntad last och besättningen på polisbåt 39-9960 får det minst sagt hett om öronen. Men det är bara en liten försmak på vad som komma skall. Ett lastfartyg på väg ner genom Kalmarsund har kapats av en terrorgrupp och nu inleds en kamp mot klockan för att stoppa det. Dessutom driver en till synes tom och övergiven roddbåt utanför Oknö, i båten hittas en närmast medvetslös man som visar sig bära på minst en hemlighet. I den actionfyllda dramaserien Sjöpoliserna Kalmarsund får vi följa de tre sjöpoliserna Mirja, Janne och Christer. Serien är en fartfylld krimserie som utspelar sig i det på ytan lugna Kalmarsund där trion får i uppdrag att etablera en ny sjöpolisstation på ön Oknö utanför Mönsterås. Mirja, Janne och Christer anar inte vilka svåra situationer de kommer att ställas inför och deras nya tillvaro blir allt annat än fridfull, ibland med deras liv som insats.