Det är försommar när läkaren Klara Andersson tar några veckors ledigt för att resa till Gävle och sin pojkvän Patrik. Förhållandet har gått på sparlåga en längre period, men nu vill hon ge det en sista chans. Kort efter hennes ankomst till Gävle misshandlas en person svårt i en lägenhet i stadsdelen Bomhus. I samma lägenhet påträffas ytterligare en person, brutalt mördad. När utredningen pekar mot tidigare våldsdåd i Jönköping tar kriminalpoliserna Fredrika och Asger över fallet. Misstankarna riktas snart mot en välkänd kriminell från staden – en person som Klara visar sig ha en personlig relation till. Skallskada är den nionde delen i spänningsserien om Klara Andersson, en ung och ambitiös kirurg som räddar liv i akutsalarna samtidigt som hon dras in i olika mystiska fall.